​6FX1138-5BA03 所有与调试引擎的通信都通过​6FX1138-5BA03 的JTAG测试访问端口（TAP）接口完成，该接口与JTAG IEEE标准1149兼容。该接口由四个信号组成，由​6FX1138-5BA03 端口引脚复用得到,定义如下：TMS（测试模式选择）-与P4.2复用；TCK（测试时钟）-与P4.0复用；TDI（测试数据输入）-与P4.1复用；以及TDO（测试数据输出）-与P4.3复用。

尽管JTAG TAP端口专门用于系统内调试与系统内编程，不过，一旦应用开发完成，传输JTAG TAP端口信号的四个端口引脚可以被释放用于其他目的。JTAG端口在复位后默认为激活状态，但是一旦运行，应用软件可以关闭端口，将四个相关的端口引脚用于其他用途。 从MAXQ2000内核来看，JTAG接口与调试引擎异步工作。通过JTAG端口进行的通信不需要与MAXQ2000运行的时钟速率相同，不过对MAXQ2000来说，TCK频率的zui大值被限定在1/8系统时钟速率以下。

在​6FX1138-5BA03 执行代码时，可以通过调试引擎读取或写入断点设置。该模式被称为后台模式，在这种模式下，调试引擎独立于CPU内核之外工作。 为了完成其他操作，如存储器与寄存器的读写，调试引擎控制​6FX1138-5BA03 的内核，并切换到执行固定用途ROM中的调试服务子程序。

​6FX1138-5BA03 该模式被称作调试模式，该模式下，调试引擎中断了正常的程序执行。在这种情况下，用户应用程序被暂时挂起，等到调试函数执行完毕后继续执行，与中断服务子程序的处理方式相同。 由于在应用程序中JTAG TAP端口并不使用，因此组成JTAG端口的端口引脚可以被应用软件收回。

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