DAP-seq后续验证的技术服务

凝胶迁移或电泳迁移率实验(EMSA-electrophoretic mobility shift assay)

是一种研究DNA结合蛋白和其相关的DNA结合序列相互作用的技术，

可用于定性和定量分析。

蓝景科信提供的EMSA实验服务基于生物素标记探针与对应的DNA结合蛋白的特异性结合原理，

通过设计合理、科学的实验方案,为客户提供验证性的EMSA,

竞争性的EMSA以及超迁移EMSA(Super-shift EMSA)实验服务。

DAP-seq后续验证的技术服务

1、EMSA原理及方法

EMSA 称凝聚阻滞实验或凝胶电泳迁移率检测， 是一种用于研究转录因子和其相关的 DNA 结合序列相互作用的技术， 能对各类转录因子的 DNA 结合活性进行定性和半定量分析，是一项研究细胞信号转导通路的关键实验技术。

EMSA 主要基于蛋白-探针复合物在在凝胶电泳过程中迁移较慢的原理。根据实验设计特异性和非特异性探针，当核酸探针与样本蛋白混合孵育时，样本中可以与核酸探针结合的蛋白质与探针形成蛋白-探针复合物；这种复合物由于分子量大，在进行聚丙烯酰胺凝胶电泳时迁移较慢，而没有结合蛋白的探针则较快；孵育的样本在进行聚丙烯酰胺凝胶电泳并转膜后，蛋白-探针复合物会在膜靠前的位置形成一条带，说明有蛋白与目标探针有互作。

2、看不到迁移条带

1）蛋白样本提取质量不高，蛋白降解或者提取量不足。

2）样本中没有可以与探针结合的蛋白。

3）探针与蛋白无特异性的相互作用。

4）转膜效率低，蛋白或者探针未转移到膜上。

5）曝光或者成像时间过短。

6) 在 Super-Shift EMSA 测定中看不到 Super-Shift DNA/蛋白复合物带还可能有以下原因：

a. 抗体没有工作。不是所有的抗体都可以用于 Super-Shift EMSA，只有对非变性蛋白的表面抗原决定簇起反应的抗体才能够用于 Super-Shift EMSA。

b. 测定的活化的 DNA/蛋白复合物中没有希望检测的构成成分存在。此时既看不到 Super-Shift 的带，也看不到 DNA/蛋白复合物的量的减少。

c. 使用的抗体过度稀释。一般 10～20 ul 的反应液需要使用 0.5～1 ul 原倍的抗体。

d. 多抗与 DNA/蛋白复合物形成大的聚集物而不进胶。在这种情况下，虽然看不到 Super-Shift 的带，但应当可以看到 DAN/蛋白复合物的电泳带明显减少。

3、实验背景高

1）曝光或者成像时间过长。

2）封闭时间不足或者效率不高。

3）洗涤效果不佳。

4）实验过程中膜没有一直处于湿润状态。

5）蛋白的质量不高，杂质多

4、EMSA如何设置对照实验及其目的

EMSA实验会有如下对照组：
(1)阴性对照反应(标记探针)；
(2)常规反应(含激活的目的转录因子的核蛋白＋标记探针)；
(3)探针冷竞争反应(含激活的目的转录因子的核蛋白＋标记探针＋标记探针100倍量的未标记探针)；
(4)突变探针的冷竞争反应(含激活的目的转录因子的核蛋白＋标记探针＋标记探针100倍量的未标记突变探针)；
(5)Super-shift反应(含激活的目的转录因子的核蛋白＋标记探针＋目的转录因子的特异抗体)。

每个对照组的目的：
(1)确定探针里面是否有杂质，光有探针，没有其他成分时，探针的位置，应该位于下方。
(2)这个是看蛋白和探针的结合，是实验目的
(3)看探针结合的特异性。如果冷探针可以竞争结合，阻碍了标记的探针，说明2中的结合是特异的
(4)目的和3相同。突变的冷探针应该对2的结果没有影响
(5)也是判断特异性，这次是看蛋白的特异性，和抗体结合后，就会有super-shift。如果没有，说明是其他的蛋白结合。

相关技术服务：

1、 DNA亲和纯化测序（DAP-seq）：高通量检测转录因子或DAN结合蛋白在基因组上的结合位点。

2、 酵母单杂交：DAP-seq后续验证服务

3、 ChIP-seq：高效检测重组蛋白、转录因子在基因组的结合位点

4、 DAP-seq与RNA-seq联合分析： 分析转录因子的靶基因在RNA-seq数据中的表达变化，深入挖掘DAP-seq和RNA-seq测序数据，增加转录组测序的分析深度。

5、 DNA-pull down：鉴定与DNA结合的蛋白。

6、 精美的论文图片设计与制作：专业设计师，设计精美论文插图，提升论文的严谨性和美观度。