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CUT-Tag互作技术服务-研究DNA与蛋白互作(Cleavage Under Targets and Tagmentation)是研究DNA与蛋白互作的新技术。与ChIP-Seq相比,CUT&Tag不需要甲醛交联和免疫共沉淀的过程,而是通过靶蛋白的抗体和Protein A的介导,使Protein A融合的Tn5转座酶靶向并切割DNA,同时在序列两端加上测序接头,经PCR扩增后形成高通量测序文库。
(CUT-Tag互作技术服务-研究DNA与蛋白互作)实验流程图
细胞与ConA beads结合——细胞渗透性处理——一抗与目的蛋白特异性结合——二抗结合一抗放大信号——加入pA-Tn5与抗体结合——通过Mg2+激活转座体,片段化目的蛋白结合的DNA,并加上接头序列——DNA提取与扩增-高通量测序
客户提供材料 | 实验过程图 |
冻存细胞:细胞数>10万 冻存组织:组织量>40 mg 一抗(请使用ChIP级别的一抗,提供未稀释的抗体原液, 送样前请将抗体的说明书发给我们,以便安排后续实验 | 高通量测序原始数据 生物信息学分析结果 |
使用CUT&Tag,鉴定H3K27me3在染色质水平上的peaks。与ChIP-seq相比,在相同Reads条件下,两者的Peaks一致,并且CUT&Tag的信噪比更高、背景更低。
参考文献:
Kaya-Okur HS, Wu SJ, Codomo CA, Pledger ES, Bryson TD, Henikoff JG, Ahmad K, Henikoff S. CUT&Tag for efficient epigenomic profiling of small samples and single cells. Nat Commun. 2019 Apr 29;10(1):1930. doi: 10.1038/s41467-019-09982-5.
CUT&Tag,DAP-seq,ChIP-seq技术对比 | |||
技术名称 | CUT&Tag | DAP-seq | ChIP-seq |
实验模式 | 体内 | 体外 | 体内 |
是否需要特异性抗体 | 是 | 否 | 是 |
样本适用性 | 对细胞活性要求高,不兼容冷冻样本,能够对极少量样品进行分析 | 所有物种,各种组织器官,新鲜组织、冻存组织皆可 | 所有物种,各种组织器官,新鲜组织、冻存组织皆可 |
信噪比 | 背景噪音低,所需测序深度少 | 噪音高,所需测序量相对较多 | 噪音高,所需测序量相对较多 |