如果是遇到堵塞的情况，首先要确定堵塞是由于什么原因引起的，如果是由于色谱柱中残留的缓冲盐引起的，这是zui万幸的堵塞了，可以尝试用高比例的水相(推荐95%)在较高的温度下冲洗色谱柱。
如果是由于样品原因导致色谱柱堵塞，又要考虑另外的办法，如果是样品中含有太多吸附性很强的物质(有时是复杂样品中的某些杂质，无法通过过滤离心等办法去除)沉积吸附在柱头导致堵塞，可以尝试使用不同的溶剂(对此类物质有较好溶解性的)慢慢冲洗。
如果是由于样品过滤不当或者样品在色谱柱上析出导致某些颗粒杂质堵塞了色谱柱，除了尝试寻找合适溶剂冲洗之外，只能考虑反冲了，通常，不建议反冲色谱柱，因为可能对色谱柱造成较大损害，所以反冲是迫不得已的死马当活马医的办法，一定要慎用。做好样品的前处理并使用预柱或在线过滤器才是保护色谱柱的好办法!
快速冲洗色谱柱
在冲洗色谱柱的时候，可以通过增加流速来缩短冲洗时间，我们已经知道色谱柱冲洗的*程度是通过体积衡量的，所以提高流速是可以节省下时间的。但是要特别注意的是，对于堵塞的色谱柱，提高流速可能并不是个很可行的办法。
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