气相色谱仪在石油、化工、生物化学、医药卫生、食品工业、环保等方面应用很广。它除用于定量和定性分析外，还能测定样品在固定相上的分配系数、活度系数、分子量和比表面积等物理化学常数。但是要想得到准确的分析结果，就必须确保仪器运行时各部件的正常，否则实验将变得没有意义。
气路系统要主要是否泄漏，要经常利用毛刷或毛笔蘸上肥皂水进行检漏，以免造成意外。EPC系统则可在一定程度上自动检漏。稳压阀在不不工作时应放松手柄，避免防纹波管疲劳失效。为了避免防阀密封圈粘在阀门上而损坏，应将针形阀处于“开”的状态。此外，当载气钢瓶压力低于1.5×106Pa时，则应更换新气瓶。
气相色谱仪的进样系统，在进行操作时，尤其是手动进样时要确保进样速度快，取样量准确。取样前用供试品溶剂洗针至少3次，再用要分析的供试品洗针至少3次，以避免供试品之间的相互干扰。选择合适的注射器同样重要，一般10μl微量注射器是zui常用的，而进样量要控制在1μl以下，就应采用5μl或1μl的注射器。微量注射器用后必须进行清洗。
为了避免色谱柱污染，在色谱柱短期内不用时，应从仪器上卸下，并在柱两端用硅橡胶堵上存放于包装盒上。避免高温时切断载气造成固定液氧化降解，因此可以在关机前将柱箱温度降到50℃以下，再关电源和载气。新色谱柱在应用前需要先测试柱性能，以确保性能合格，安装新色谱柱时应重新设定柱箱保护温度。当色谱柱使用后，出现基线波动或出现鬼峰现象时，则应该对色谱柱进行老化，
检测器的TCD尽量采用高纯度的气源，通气半小时以上后方可通电，先通载气后加桥流。热导池用于高温分析时，如要停机，首先切断桥电流，等检测室温度低于100℃以下，再关闭气源。FID应在*的N2／H2比以及*空气流速的条件下操作，这关系到其灵敏度。粒子室必须处于屏蔽、干燥和清洁的环境中，以避免外界的干扰。测定流量，测氢气时，要关闭空气，火焰熄灭时，应尽快关闭氢气阀门，以确保安全。检测器温度设置应高于色谱柱实际工作的zui高温度，来避免污染。
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