食品安全法法检查组对各地方、各方面反映的困难和问题、提出的建议，概括为七个方面：
1、监管体制改革尚未到位
2、配套法规、规章仍滞后
3、安全风险监测基础薄弱
4、安全标准数量少指标粗
5、经费问题影响法效果
6、部分企业未能落实责任
7、普法宣传社会监督不够
全国人大委会罕见地对一部法律当年实施、当年即开展法检查。
食品安全法这部法律在立法过程中就备受关注，全国人大委会副委员长路甬祥昨日作法检查报告时表示，“各级党政领导从来没有像今天这样重视食品安全工作，社会公众从来没有像今天这样关注食品安全。”
法检查组认为法律实施总体情况良好。不过，向来讲问题和建议多于成绩的人大检查报告，也指出了目前食品安全法实施中涉及的七大问题。
综合协调机制待完善
分段监管的体制问题在食品安全法制订过程中即有很多批评，法检查组发现，监管体制改革尚未到位———省级机构改革正在进行，监管职能调整没有完成，大多数市、县级体制改革还未启动。
而国院卫生行政部门履行食品安全综合协调职责的工作机制尚待进一步完善，目前尚未建立起强有力的工作机制。
此前法律制订中，分段监管体制中的不同部门监管界限不清晰的问题就已提出，此次法检查发现依然存在监管边界不够清晰问题。
配套法规规章仍滞后
法检查组发现，由于食品安全法颁布实施时间不长，目前配套法规、规章滞后的问题仍然比较突出。比如保健食品监管、食品生产许可等方面的配套法规规章至今没有出台。
此外，虽然食品安全法授权省级人大委会制定本区域内食品生产加工小作坊和食品摊贩的具体管理办法，但地方立法难度大，至今绝大多数省份还没有制定这方面的地方性法规。
目前，食品安全风险监测、风险评估与预警工作基础薄弱，对食源性疾病、食品污染和食品中有害因素的风险监测与评估尚处于起步阶段，路甬祥表示，各地工作开展不平衡，与食品安全法确定的实施风险监测与评估制度还有较大差距。
检查组建议有关部门加快建立覆盖全国的风险监测网络，加快组建国家食品安全风险评估中心，在有能力的地区建立风险评估分中心。
中西部经费缺口较大
食品安全法实施条例规定了买样费和检验费由同级财政列支，国院也要求县级以上地方人民政府对本行政区域内执行食品安全法确立的各项制度予以经费保障，但是中西部和其他困难地区财政经费到位率很低，缺口很大，直接导致监督抽检范围缩小、频率下降、批次减少，影响了法的效果。
此外，法检查组还就食品安全标准缺乏和不统一，企业作为食品安全“*责任人”意识不强，社会监督渠道不畅等问题提出了建议。法检查组建议全国人大委会于2011年再次开展食品安全法的法检查，以促进法律的有效实施，切实改进食品安全状况。
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