仪器本底指的是在没有氡气时产生的乱真计数。本底的产生可能是因为仪器或其组分的性质、仪器环境里其它形式的射线或者仪器本身的污染。
HS01测氡仪的设计比起其它的氡气探测仪更加不容易受到本底的影响，但操作者应当对本底有个认识，避免犯不必要的错误。
集聚在探测器表面的氡钍子体，在氡钍去除后能继续产生α计数。当您在完成一个高浓度（几万Bq/m3以上）氡含量样品测量后试图立即测量一个低本底含量（几十Bq/m3）的氡样品，高浓度样品测量后留存的子体会大大的混淆测量结果。因此需要相隔一段时间（30分钟以上，降到原来0.1%水平）再进行下一次测量。
HS01测氡仪，在您使用嗅探模式时候，能对氡样品以3.05分半衰期做出快速响应。因此氡气去除后，10分钟能下降90%，18分钟能下降98.44%，30分钟本底值只留下原来的0.1%。这是任何总量探测仪器不能相比的。
钍射气的子体比氡子体更不容易去除。钍射气子体Pb212半衰期是10.6小时，在使用总量测量仪器时候，如果累积了大量这种子体，您可能的等上一两天才能再次使用您的仪器。而ST2017通过区分子体的能力不必为钍射气干扰的影响困扰。
氡原子会吸附或吸收在氡气收集腔的内表面、管材的内部或者干燥剂的颗粒上。在您清洗了仪器之后这些氡气仍然能留下，然后再从氡高压静电收集腔体表面析出进入氡高压静电收集腔体，由于很少氡气会被吸附，因此这个影响通常会忽略不计。但在氡气含量非常高的情况下（几万Bq/m3），即使很少一部分也是很可观的，在清洗仪器之后您看到有些残留的氡气。
常规的办法没隔几小时清洗10分钟，直到计数率下降。即使在糟糕的情况下，氡也会通过自身3.82天半衰期衰变，终仪器会恢复正常工作的低本底水平。
在氡气含量较高的环境下工作很多年后，仪器内部的探测器表面将集聚Pb210这个具有22年半衰期的同位素。它有一个继承元素Po210,能产生能量为5.3MeV的α粒子。HS01通过能量识别这种同位素，将它从计算中去除掉。因此，其积聚对仪器本底没有多大贡献。
如果产生氡或钍的母体污染物入Ra226和Th228，被捕获进入软管或者过滤器中。它们可能会放射氡气或钍射气，这些射气会通过过滤器带进仪器。某些尘土可能含有足够量的这些同位素，因此上述情形可能会发生。
因此，使用时候要经常更换新的滤膜，将滤膜装在整个进气系统的***前端。能有效防止这些固体污染物进入气路系统。
仪器本身结构材料可能存在能否发出α射线的污染物，但是这种污染物极低，通常在几个小时内只有一两个计数，因此其对探测的影响忽略不计。
还有可能是Rn219或称锕射气，它半衰期只有4秒，它是天然U235衰变而来的。但由于自然界中U235比U238（Rn222的母体）浓度要低的多，因此Rn219基本上不会进入探测系统。
仪器使用的探测器对β射线和γ射线是几乎不敏感的，因此理论上这两种射线不会对仪器造成干扰。但是暴露在高浓度的β辐射体和γ辐射体下，会造成探测器的辐射损伤，可能使探测器漏电流增加，导致能量分辨率变差。但环境水平的β射线或γ射线不会对测氡仪造成任何明显的影响。
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