水质在线监测系统（WQMS）是一套以在线自动分析仪器为核心，采用现代传感技术、自动测量技术、自动控制技术、计算机应用技术及相关专用分析软件和通讯网络组成的一套综合性的在线自动监测体系。WQMS可以及早发现水质异常变化，对下游水污染进行预警和预测，及时跟踪污染源，为管理决策服务。
取水系统
取水系统的设计主要是为了满足水样的代表性、可靠性和连续性。系统的主要组成部分有：取水头、取水泵、水样输送管路及流速流量调节。按取水方式划分，主要分为直取式和浮筒式两种。直取式主要用于水位变化较小的环境，如污水厂、污染源、自来水涵管等，而浮筒式则主要用于水位变化较大的环境，如地表水等。
预处理系统
水样预处理的设计主要是为了消除器分析和影响仪器使用的因素，同时又不失水样的代表性。预处理的手段通常包括自然沉降、物理过滤和渗透等。预处理水平通常根据水样的纯度来确定。 一些分析仪器在设计时考虑了进样的预处理，在系统集成时需要考虑与之配套使用。
集成辅助系统
辅助系统的设计主要是保证在线监测系统的持续稳定运行，需要根据现场情况的变化进行调整。一般来说，应注意以下几个方面：
（1）管道的清洗：由于管道内残留的污垢和因此而孳生的藻类会污染水样，所以需要定期、定量地清洗管道。 清洁的方法和内容多种多样，目标都是为了保证水样的真实性和代表性。
（2）电力保障：电力的稳定性直接关系到仪器分析的准确性和连续性，所以首先要选择稳定的交流电网接入；其次在交流电进入自动监测系统前，需要对电流再次整流，以便应对突发性电流不稳的情况的发生；然后，如果需要，可以提供备用电源，以便在停电时在线监测系统的正常运行。
（3）防雷击：防雷主要分为站房防雷、电源防雷和通讯防雷。遇到雷击时，电流首先击穿避雷器，保护仪器和系统设备。这在雷暴频繁的地区尤为重要。发生雷雨时，工作人员应时间检查避雷器的状态，如有损坏及时更换。
（4）温湿度的调节：合适的温度和湿度对仪器的稳定运行也很重要，而这部分功能主要由空调和除湿设备来实现。
