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医药中间体废水具有高COD、高氨氮、高盐、高色度的特点。所谓医药中间体，实际上是一些用于药品合成工艺过程中的一些化工原料或化工产品。这种化工产品，不需要药品的生产许可证，在普通的化工厂即可生产，只要达到一些的级别，即可用于药品的合成。合成步骤长、中间体繁杂、分子结构稳定，使医药中间体废水成分非常复杂，含有大量有毒、难降解的有机化合物，以及Cl-、SO42-等无机盐。是目前化工污水处理行业的重难点之一。

常见的处理工艺：

       化学氧化+生化法。由于医药中间体废水COD高、生物毒性高，常规微生物难以耐受医药中间体废水中有毒污染物，无法直接进行常规生化处理，可采用化学氧化的方式进行部分去除，降低其生物毒性后进行生化处理。化学氧化方法包括：臭氧氧化、次氯酸钠氧化、臭氧—双氧水联用氧化、Fenton氧化等化学试剂氧化，以及湿式氧化、电解氧化、光氧化、高温裂解等氧化方法。这种方法的缺点是工艺流程长，需要较大的投资成本和运行成本。