说到实际操作，垂直B2B交易平台会根据行业的特点，对网站进行设计，前后台*是按照行业产品来分类，商品信息描述和搜索引擎也更符合行业特征，这样就能够为买家提供更有针对性的服务。垂直B2B平台未来的发展趋势是从服务型平台向交易型平台转变，而涉及到在网络上进行交易，很多人担心的就是安全问题，这也是目前垂直平台在着手解决的问题。比如建设安全有保障的支付体系，确保交易流程的安全顺畅；通过第三方物流公司保证物流服务，为双方顺利完成交易提供安全而完善的服务。
虽然垂直网站在业界也颇受一些客户的青睐，发展的总体态势不错，受到很多正面的评价，但目前垂直B2B的运营还是存在一些困境，这是垂直B2B发展中的瓶颈。运作垂直网站需要较强的专门技能。规范程度越高的网站，越需要投入更多的人力资本来处理网站中的诸多技术问题，这样才能挖掘该虚拟市场的商业潜能。垂直B2B面临的挑战还是涉及面窄的问题，这在很大程度上是由其具备鲜明行业特征的技术知识和客户关系所决定的。
在狼多肉少的电商竞争市场中，综合实力拼不过B2B，如果自身的平台特色不够抢眼，实力不过硬，终会淹没在电商大潮中。当然，垂直B2B平台除了保持自己的特色外，竭力克服发展中存在的问题，及早在激烈的B2B竞争中占据有利地位，也是生存之道。
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