石英纯水蒸馏水器出厂时已安装好，不必另行安装，但操作室必须有水、有电、室内污染小。新出厂的蒸馏器，只需引入蒸馏水活去离子水后直接使用。初次二天蒸馏的水只能作为清洗管壁和洗涤石英瓶、聚乙烯桶，因容器的沾污不可忽视。
石英纯水蒸馏水器如何正确安装呢？可以用∮6*9的聚乙烯软管（硅胶管、橡胶管、医用输血管均可）。长度视操作台至水源距离而定。上方二嘴为冷凝水进出水口（进水口和出水口没有分别）。一根由自来水阀连接冷凝水嘴，一根由出水嘴连到自来水池排放。
然后，再取一根由被蒸馏水储备瓶底部放水阀连接蒸馏器下方进水嘴（储备瓶应于蒸馏器，利用位差使水流入蒸馏器内）。被蒸水应该是普通蒸馏水，离子交换水或其它渗析水为好。
上面的工作都完成后，打开自来水流入冷凝水，如冷凝管内有气泡，只要将出水口抬，即可排掉气泡，然后再打开蒸馏水阀，当水从蒸馏器右下方溢水口流出即关闭。如能在蒸馏水放水阀接上盐水滴管，由放水阀控制流量与出水量一致，即可保持蒸馏器内被蒸水水位平衡，这样可以连续工作，不必看管。
石英纯水蒸馏水器的石英接收瓶套入蒸馏器下方，中间接受口内。接受瓶适当垫以防灰尘进入瓶内，也可由接受口内小管处接上∮6*9软管，下方通入聚四氟乙烯或聚乙烯塑料桶内。
石英纯水蒸馏水器每次工作结束或长期不用，应将冷凝水、被蒸馏水排掉，冷凝水由自来水拔下，抬一方即可排出。这样以防日久积下水垢。
石英纯水蒸馏水器长期使用结垢，可用50%HNO3由被蒸水灌进侵至结垢处，浸泡2~4小时后由原进水处将皮管降低即可排掉。再以蒸馏水或去离子水灌进冲洗3~5次即可重新使用。
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