1. 简单皮实。离子阱系统（包括3D离子阱和2D线性离子阱）通常都构造相对简单，没有像Orbit Trap所需要的C-Trap、Z-Lens等复杂的离子传输电镜；对工作环境要求不严苛，没有像TOF一样需要对环境温度和试验台震动有着近乎苛刻的要求。相比较Q系统需要至少三套独立射频RF系统来飞别控制三个四极杆，一台离子阱系统，通常只需要一组射频RF就足够。简单的构造带来的直接特点就是故障率低，皮实耐用。另一个由构造简单带来的特点是容易小型化，这也是为什么现在小型化质谱系统大多是基于离子阱技术的原因。2. 多极质谱。一般来说，多极质谱技术分为两种，Tandem-in-space空间多极质谱/Tandem-in-time时间多极质谱。对于分析复杂混合样品，多极质谱能很大程度去除背景干扰，增强信噪比，同时也能在需要解析离子结构的应用中起到很大的作用。空间多极质谱通常是一类在离子传输飞行过程中将其打碎的技术，当然，HCD也是这个范畴，如果不配合有离子储存和选择能力的分析器（例如离子阱）的话，这类技术是很难做到两级以上多极质谱的，对于需要深度解析离子结构的应用会有一些约束。时间多极质谱通常是利用离子碰撞池和离子储存空间共享的特性，将离子在储存空间内通过和中性媒介碰撞（例如共振激发Resonance CID）或吸取外面能量（例如UVPD）并打碎且分析的过程。在时间多极质谱领域中，离子阱是*，在同一个阱内，通过不断选择下一级母离子并将其打碎，目前的Thermo线性离子阱系统可以做到十极多极质谱（当然，前提是离子结构和碎裂方式允许的前提下）。以目前的情况看，即便是在做HCD一类的Beam Type CID中也少不了离子阱的影子，Thermo的Fusion和LTQ Velos Pro中都可以将在离子阱内选择好的母离子传到HCD碰撞池来完成碎裂并把碎片返回到离子阱进而扫描分析。