PCR扩增仪的种类总体来说，可以分成两大类，即普通PCR扩增仪和实时荧光定量PCR扩增仪。

一、普通PCR扩增仪

1）.普通PCR扩增仪即通常所谓的定性PCR扩增仪。
2）.梯度PCR仪是由普通PCR仪衍生出的带梯度PCR功能的基因扩增仪。
3）.原位PCR仪是由普通PCR仪衍生出的带原位扩增功能的基因扩增仪。
 二、实时荧光定量PCR扩增仪
1）.金属板式实时定量PCR仪，还可作为普通PCR仪使用，有的甚至带梯度功能，可容纳的样本量大，无需特殊耗材，但温度均一性欠佳，有边缘效应，标准曲线的反应条件难以做到与样品全一致。
2）.离心式实时定量PCR仪的PCR扩增样品槽被设计为离心转子，温度均一性好，但可容纳样品量少，有的需用特殊毛细管作样品管，增加了使用成本，也不带梯度功能。
3）.各孔独立控温的定量PCR仪的不同样品槽分别拥有独立的智能升降温模块，各孔独立控温，适合多指标快速检测，可实现任意梯度反应，但上样不如传统方法方便，而且需要独te的扁平反应管，使用成本较高。