虽然涡轮流量计有不少其他流量计无法相比的优点，但是任何事物都会有一些不足，涡轮流量计也是如此：
1.小口径（DN50以下）仪表的流量特性受物性影响严重，仪表性能难以提高。
2.当液体黏度提高时，流量计测量下限值提高，范围度缩小，线性度变差。对于高黏度液体要用高黏度型才能保持测量特性。
3.不能长期保证校准特性，需要定期校验，对于润滑性差的液体，液体中含有悬浮物或磨蚀性，造成轴承磨损及卡住等问题，限制了其应用范围，采用硬质合金轴和轴承后，比较石墨轴承情况有所改进。对于贸易储运和高度测量要求的，配备现场校验设备，可定期校准以保持其特性。
4.流量计受流速分布和旋转流的影响较大，传感器的上下游侧需设置较长直管段。如安装空间有限，可加装流动调整器（整流器）以缩短直管段长度。
5.流体物性（密度、黏度）对流量计特性影响较大。气体流量计易受密度影响，液体流量计对黏度变化反应敏感。由于流体物性与压力、温度关系密切，现场使用时压力温度的波动较大，要采取适当的补偿措施才能保持较高的计量精度。
6.不适用于脉动流和混相流的测量。
7.由于涡轮流量计对介质清洁度要求较高，可安装辅助设备（过滤器、消气器）以扩大使用领域，但由此带来压损增大、维护量增加等副作用。