鼠疫菌有一个已知的进化祖先——假结核耶尔森菌。假结核耶尔森菌在进化到鼠疫菌ELISA试剂盒的过程中获得了两个质粒，这两个质粒赋予了鼠疫菌新的致病特性，同时还导致了很多基因方面的变化。
   研究该从何入手是关键。在此之前，国外已测定了两株对人高致病的鼠疫菌的序列。因此我们在研究时首先想到的是我国内蒙地区对人致病性低的鼠疫菌。我们通过全基因ELISA试剂盒组测序找到与致病基因相关的片段，开启了鼠疫菌的基因组研究。
   测序之后为了进一步了解更多的菌株信息，我们做了一张全基因组芯片，开展了基因组学对比的研究，同时还研究导致基因多态性的重组序列和SNPs等片段的变化。后来我们跟美国的GCBI合作对中国四种遗传病的四种菌进行检测，做了鼠疫菌全基因组SNPs扫描分析，并做了鼠疫菌之间关联性的分析。
   09年二代测序兴起后，我们对中国200多株鼠疫菌进行测序。随着基因测序的价格越来越低，后来我们几乎对全国所有的鼠疫菌都进行了测序，目的是研究鼠疫菌进化背后的动力，不光是探讨其之间的亲缘关系。因此我们将全国不同疫源地鼠疫菌的进化与不同地区的地土植被、历*气温、气候降雨霜降等做了关联分析。
   通过鼠疫菌SNPs分析，我们用基因组的方法摸清了历*鼠疫传播的规律。第三次鼠疫大爆发在中国从香港通过贸易传播出去，通过哪条船传播到哪些地区等这些途径都由SNPs勾勒出来。zui后我们确定第二次大流行跟丝绸思路有关系，而*次大流行跟郑和下西洋有关。
   无论是过去还是现在，传染病的大流行都和人类密切相关。只是现在的传播速度比以前快，过去靠骆驼和船只将鼠疫病毒带到非洲。因此我们用基因组学ELISA试剂盒的方法勾勒出了鼠疫传染的规律。从这些传播路径来看，中国不光是四大文明发源地，还可能是鼠疫的发源地。