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梅里埃——细菌鉴定让Maldi-TOF质谱焕发青春

时间:2021-10-25      阅读:126

开宗明义

MALDI,即基质辅助激光解析电离(Matrix-Assisted Laser Desorption/ Ionization,是指离子源,也就是激发部分。这就好像有圆形单头和尖形单头,有的善于穿甲、有的善于爆破。MALDI离子源属于软电离,相比之下还有其他离子源,其电离方式也不尽相同。比如见的ESI源(电喷雾离子源,一般前端接液相色谱仪HPLC)、APCI源(大气压离子源)等。

                                               

TOF一词指的是飞行时间质谱分析器,如果还用做比较的话,就好比是枪管,有来复滑膛之分——不同的枪管(即质谱检测器)其原理及所擅长的领域也有所不同。飞行时间(TOF)和离子阱(Trap)检测器善于定性,四级杆(Q)检测器善于定量,那么有没有可能兼顾定性和定量呢?有的,就是把这些方法结合起来——于是乎,诸如Q-TOFQ-Trap等串联质谱就应运而生了。

 

天作之合

TOF作为一种质谱分析器,可以和不同的离子源相结合,比如ESI源,这种组合就是ESI-Q-TOF(这里的“Q”是四级杆分析器,做质量数筛选的)。然而,ESI是一种连续性的离子源,就好比溪水,源源不断。而TOF呢,却偏偏是一种非连续性的质谱检测器,如喷泉一般汩汩而出。其原理就好比赛跑:必须等所有的选手站在同一个起跑线上,然后一声响(释放离子门的电压),各个选手在真空无场的情况下,在同一初始动能下开始运动。

                                                

就和真正的比赛一样,带电的粒子必然有的早到、有的晚到,甚至有的不到(半路湮灭了),所有的这一切都在电光火石之间发生了,却依赖于电子部件得以记录,并把飞行时间反推为粒子的质量数(或许可以简单理解为待测物质的原子量),如此一张工业感十足的质量数指纹图谱就出现了。如果这张图谱是用标准已知细菌做出的,我们就可以简单地将其理解为标准指纹图谱。

无偶,偏偏MALDI源的电离方式要依赖于激光对待测物的轰击,这种轰击的频率从每秒50次到2000次不等,记为50~2000Hz。不难看出,MALDI源也是非连续性的,MALDITOF的结合是技术发展的必然。TOF拯救了MALDI,或者说,此两者是相互成就着彼此。


阿喀琉斯之踵

  

一般来说,灵敏度和分辨率往往是鱼和熊掌不可兼得的,甚至可以把自称兼得者称为现行伪科学或者潜伏期很长的伪科学。MALDI离子源固有其优势所在,然而由于没有经过预先分离(如HPLC一般来说,质谱前端会连接分离设备,比如气相色谱、液相色谱,其目的在于对混合物样品进行初步分纯。),因此难免鱼龙混杂,泥沙俱下,为后端的TOF鉴别造成了极大的难度。

再看TOF,其分辨率主要依赖于粒子的飞行距离,同样以赛跑做比喻:如果两位选手难分伯仲,不妨延长跑步长度,50m不行就100m100m不行就500m。然而,赛道是不可能无限延长的,怎么办呢?就像游泳比赛,同样可以通过数次折返达到延长比赛距离的目的。对于质谱而言,鉴于生产加工的难度和安装调试的条件要求,直接延长飞行管长度未免胶柱鼓瑟。于是乎,聪明的科学家利用波粒二象性发明了反射“V”字飞行,如果“V”字还不行,就“W”字飞行。这样一来,也许分辨率问题解决了,但是经过反射,粒子的灵敏度丧失了。

                                              

一言以蔽之,如果说某种技术既缺乏灵敏度,又缺乏分辨率,那么MALDI-TOF就当之无愧,这就是其被称为高分辨质谱中的低分辨的原因。

在细菌鉴定的功能出现之前,特别是ESI离子源大行其道的当今,MALDI-TOF是一个极为小众的存在:求生不行(用不起来),求死不得(在某些领域,比如聚合物等分析方面尚有需求)。甚至在迭代频繁的分析仪器届,某些重要的MALDI-TOF厂家已经有十余年没有更新型号了。

孔北海知世间有刘备耶?

如果把MALDI-TOF比作刘备,则细菌鉴定的需求就好比是被黄巾围困在北海的孔融。需求成就了市场,技术造就了英雄。

                                                             

想象自己是一位细菌检验员吧如果能够把分纯的菌落直接涂抹就能鉴定该多好啊!对于仪器厂商而言,使用者有需求,微生物质谱就这样出现了。

细菌有稳定表达的核糖体蛋白,并且非常便于在大气压下前处理(涂靶板、加基质液),再者,由于细菌的特征性质谱峰和质量图来自于细菌全细胞蛋白(核糖体蛋白、 细胞膜蛋白)按照质荷比(M/Z)的分离排列,因此用已知细菌指纹图的方式对未知细菌进行鉴定就变得前途amazing

0“路线确定之后,干部就成了决定性因素了,于是,开始建库吧!韩信点兵,多多益善。

比大还

借助苹果slogan的中文神翻译,我们或者可以理解这样一点:对于菌库而言,大就一定好吗?这涉及到一个关于建库的方法学问题,用一株菌来代表其所在的种,以其质谱图作为该细菌的标准谱图,这样做无疑是的高效方法,此谓之演绎法。虽然该路线简洁、可塑,却不免歧路亡羊——毕竟对于使用者而言,我们不希望见到一个样品给出多个建议的结果,而是给一个非此即彼的答案。

所谓萝卜快了不洗泥,另一种路线则强调样本的多样性,多收集不同地区、不同培养环境的萝卜建库速度固然差强人意,但准确性则大大增高,这种方法就是归纳法——梅里埃数据库就是这样的建立的。

不难看出,所谓比大还,往往就是庄子所说的大而无当啊。

怎样才能做到精准建库呢?我们不妨用人来做比方,譬如一个屋子里做了3000个人,来自不同的地区、不同的民族、不同的人种,杂然其间。我们知道,世界上很多地方是民族杂处,难辨华夷的。好吧,我们把他们按照器官、部位,逐个比较,比如高鼻子,如果某个种族都是高鼻子,而其他种族都不高,则认为高鼻子是该种族的重要特征,给与高赋值;然而,如果一个种族内,有的鼻子高,有的鼻子低,怎么办呢?没关系,同样可以认为这是一个次重要特征,只不过赋值较低罢了。以此类推——对质谱而言——所谓高鼻子是指特征谱峰罢了。

                                      

两条腿走路的不一定就是人,柏拉图曾被自己的学生挑战过这个问题。对于质谱鉴定而言,关键特征固然重要,然则仅仅青眼于细节未免会有盲人摸象之嫌。有鉴于此,梅里埃的谱库比对规则里面又增加了相似度一项。这样一来,虽不能说尽善尽美,也可称了。

上述方法可以统称做权重矩阵分析,一个绕口而全面的谱图比对方法。

知著

作为微生物检验工作者,见是题中应有之义,然而其根本目的则在于知著换言之,MALDI-TOF可以在几十秒内(指检测的时间)鉴别出是何种细菌,接下来便怎么样呢?仅止于此吗?

孔子最喜欢的弟子就是颜回,称他是举一反十,而别的弟子仅能做到举一反三。同样的,我们在满足于MALDI-TOF快速鉴定的同时,是否要想一下不同样本的前处理自动化的问题?不同菌株耐药性的问题?甚至是整个流程的优化的问题?

比如说吧,一份样本是何时接收的?何时开始培养的?何时报阳、转种的?何时出的鉴定结果?何时出的药敏结果?是否需要其他方法协助?上述流程中的每份数据需要单独读取,还是有一个大管家汇总报告?

对于梅里埃的Vitek MS而言,确实有一个大管家,只不过不是一个真正的人,而是一个服务器,叫做“Myla”

                                              

万物皆数

毕达哥拉斯学派推崇的一句话就是万物皆数,奥地利人L.V.贝塔琅菲则把这个原理用到:如果一切都能用数字来管理并观察其趋势,这不就人间的上帝吗?于是乎,系统论诞生了。

“Myla”是系统论的践行者,她会忠实地告诉你是哪个环节出了问题,哪个环节需要改进以提高效率。有了她,你不要在电脑上装任何客户端,而是通过浏览器来观察该系统内设备(如细菌培养系统BacAlert 3D、鉴定药敏系统Vitek 2、质谱Vitek MS等)的运转状况。无轮你是否在现场,只要有网络、有,一切都了然于胸。

   

结语

好啦,如果说细菌鉴定挽救和成就了MALDI-TOF,则“Myla”却让整个系统焕发青春,生机盎然。正所谓食髓知味,如果有机会,就和梅里埃一起尝试一下吧!

 

 


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