基于图像的表型分析方法，如广泛使用的 Cell Painting分析，使用高内涵成像和多参数输出来研究细胞中的生物、遗传和化学扰动。这种日益流行的方法正被应用于从药物发现项目到基因组筛选研究。
在标准的 Cell Painting 实验中，各种细胞器和结构 ( 细胞核、细胞质、线粒体、高尔基体、内质网、细胞骨架、胞质 RNA 和核仁 ) 在 5 个成像通道中被采集。这种广泛的细胞染色能够以单细胞分辨率对多种形态的扰动进行监测和定量。已发表的 Cell Painting 分析的局限性包括适合的染料可用性狭窄以及成像系统提供足够的光谱分离能力。具体来说，高尔基体和肌动蛋白是通过同一通道成像的，这就给图像分析中区分这两个结构带来了挑战。这种限制可能会干扰 hit 的选择或掩盖某些化合物的效果，特别是那些具有影响高尔基体 ( 生物合成途径 ) 或细胞骨架网络的作用机制 (MOA) 的化合物。