水质自动监测站主要由采水单元、配水和预处理单元、控制单元、分析单元、辅助单元、监测站房及其附属设施等组成。监控中心主要由监控平台软件（包括水质信息管理平台软件、安防综合管理平台软件、数据库软件、操作软件、APP软件等）和辅助设备（包括大屏显示系统、服务器、UPS、监控电脑等）组成。

采水单元包括取样泵、取水管路、取水浮筒及构筑物等，主要负责把水样输送至监测站房。

配水和预处理单元包括流通池、沉淀池、采样杯、控制阀门、空压机、臭氧发生器、配水和预处理管路等，主要负责对取样泵采集的水样进行沉淀、过滤等处理；提供符合各分析仪表压力、流量等要求的水样；对取样结束后的系统管路进行清洗、除藻，防止藻类滋生、杂物堵塞等对系统的影响。

控制单元包括工控机、现场数据采集传输与控制软件、PLC、仪表柜、成套电气等；负责采集仪表数据并实时上传至监控中心，对采水单元、配水和预处理单元、辅助单元等进行控制。

分析单元包括常规五参数在线分析仪（温度、PH、溶解氧、电导率、浊度）、高锰酸盐指数在线分析仪、氨氮在线分析仪、总磷在线分析仪、总氮在线分析仪等，对被测水体相关因子进行监测。

辅助单元主要包括UPS、稳压电源、防雷和接地系统、自动采样器、门禁系统、自动消防、视频监控系统等，负责站房环境、用电、运维等进行监管，保障系统的安全。