1、 样品失真或不见。

例如：H2O气使氯硅样品水解。

2、 色谱柱失效。

如H2O，CO2使分子筛柱失掉活性，H2O气使聚脂类固定液分化，O2使PEG固定液断链等。

3、 有时某些气体杂质和固定液相互作用而发生假峰。

4 、对色谱柱保存特性的影响。

如H2O对聚乙二醇等亲水性固定液的保存指数会有所增加，载气中氧含量过高时，无论是极性或对错极性固定液柱的保存特性，都会发生改变，运用时刻越长影响越大；

5、 对检测器的影响。

例如热导检测器（TCD）信噪比减小，无法调零，线性变窄，文献中的校对因子不能运用，氧含量过大，使元件在高温时加快老化，削减寿数。火焰离子化检测器（FID）在Dt≤1×10-11/S下操作时，CH4等有机杂质会使基流激增，噪声加大不能进行微量分析。

6、对测试结果影响。

例如在做程序升温操作时，载气中的某些杂质，在低温时保存在色谱柱中，当柱温升高时不光致使基线漂移，还能够在谱图上呈现比较宽的“假峰”。

7、对仪器的影响。

导致各类过滤器加快失效，调理阀被污染，气阻阻塞，调理精度下降或失灵；气路体系被污染，仪器灵敏度恢复成本高，污染严重时灵敏度将无法恢复。低纯度气体携带的水蒸汽会严重影响分析结果，甚至影响检测器的寿命。