在使用气相色谱仪时会遇到很多不同的故障，较常见的是气相色谱仪没有峰值或者峰值很小，很多人对此束手无策，下面我们来仔细说说处理这一故障的具体方法。
首先，我们判断气相色谱仪检测器是否关闭或火是否未点亮。我们可以重新点燃以检查这是否是原因。可能是柱子中没有气流，我们可以检查是否还有气流。气相色谱仪检测器喷嘴可能堵塞，我们可以清洁喷嘴。可能是进水口泄漏，我们可以更换气相色谱仪橡胶垫进行检查。可能是记录器出现故障，我们需要对记录器进行大修。气相色谱仪色谱柱与进样口或检测器之间的连接可能不正确。我们重新拧紧连接器，看看是否是原因。可能是气化室的温度太低而样品不能蒸发。我们可以提高气化温度，看看气相色谱仪基线是否正常。
而且气相色谱仪对温度环境的要求并不特殊。通常，在5至35℃的室温条件下可满足操作要求，并且湿度环境通常需要为20％至85％。在高湿度区域，当使用某些类型的气相色谱仪时，由于高环境湿度，气相色谱仪的绝缘性能会降低，如果操作灵敏度高，响应值会降低。使用气相色谱仪时，工作人员在遇到上述现象时应采取必要措施。