CD46为一单链跨膜糖蛋白，其染色体定位于人类1号染色体短臂的32号区，分子量为45-70kDa，又命名为gp45-70，属于补体活化调节蛋白因子家族。CD46的N端由四个补体控制蛋白（CCP）组成，后面是通过选择性剪接产生的O-高度糖基化区域，并包含B和/或C异构体。B和C结构域富含氨基酸丝氨酸、苏氨酸和脯氨酸（STP），并通过功能未知的12个氨基酸区域与跨膜结构域相连。
CD46的细胞内区域由两种氨基数目不同的短尾(Cyt1包含16个氨基，cyt2含有23个氨基)组成。选择性剪接可产生带有CYT-1的同工型或带有CYT-2的同工型，它们都含有信号传导基序，并且在炎症环境中差异表达
人CD46也称为膜辅因子蛋白（MCP），属于补体激活调节剂（RCA）蛋白质家族。除了CD46，RCA家族还包括衰变加速因子（CD55 / DAF）、补体受体1（CR1 / CD35）和2（CR2 / CD21）、C4结合蛋白和H因子（FH）。如Figure2所示，CD46作为膜辅因子介导的C3b和C4b裂解辅助因子，是先天免疫系统中经典和选择性补体激活级联反应的关键调节因子[6]。裂解多余的C3b可以产生膜结合的C3bi和可溶性C3f。C4b的裂解可以产生膜结合C4d和可溶性C4c。