农村安全饮水工程难以实现良性运行的原因：
一是运营管理水平偏低。全省已建成的农村安全饮水工程的运营形式有县门管理、乡镇管理、村组集体管理、承包管理、买断经营和自建自管等，其中非化经营管理占90%以上，这些工程缺少懂业务的运行管理人员，多数从业人员未经过正规培训，技术人员不足10%，技能差，管理水平偏低。
二是运行成本高，收益难以保障。我省农村安全饮水工程普遍未实现盈利，2018年6月调研数据显示，我省贫困地区水厂仅2.4%实现了盈利。先是电费成本高。我省农村安全饮水工程用电执行的是农村居民生活电价，抽水电费成为运行成本中比较大的一项支出，调研中规模水厂电费成本占总成本比重20%左右，单村水厂在40%以上，二次能耗规模水厂35%以上。其次是收费难，收费成本高。农村地区水表普遍采用机械表，水费收取方式以上门收取为主，水费回收率低，2018年全省约为60%。抄收费用在水厂成本中占比较大，如汉寿江东湖水厂2018年占比约14%。再次是维护费用高。目前大部分水厂的经营状态决定难以从水费中提取维修和养护费用，多数县财政未落实农村饮水安全工程维修养护资金，随着设备老化，维护费用逐年增多，资金不足制约了工程的良性运行。
三是水厂超负荷运行和运行不足现象同时存在。一方面是工程效益未充分发挥。部分地区尤其是贫困地区由于大量农村居民进城务工，且农村居民用水观念尚未*转变，仍更愿意用自来水以外的其他方式取水，导致实际供水人口较设计值偏低。另一方面是水厂“小马拉大车”现象严重。一些地区由于居民用水需求较高，原有水厂设计供水量已经不能满足需求，为保障供水，只能采取超负荷运行的方式，尤其节假日高峰期，这一现象更加普遍。
